生物学因素
1.遗传因素
应用群体遗传学(即遗传流行病学)的研究方法对精神障碍患者进行的家系、双生子、寄养子研究证实精神障碍具有很高的遗传倾向，孤独症的遗传度高达90%，精神分裂症与双相情感障碍的遗传度也高达80%，酒精滥用/依赖的遗传度为60%，重性抑郁与惊恐障碍遗传度相对较低为40%(遗传度指群体中某一疾病可以由遗传效应来解释的部分);研究还发现，精神障碍的遗传模式并不符合孟德尔遗传规律，属于复杂的多因素遗传疾病。
2.神经生化因素
通过已有药物对精神障碍的治疗，发现单胺类神经递质、氨基酸类神经递质可能参与了精神障碍的发病机制，而对神经肽及神经营养因子的深入研究，提示这两类物质也极有可能参与了精神障碍的病理生理过程。
3.内分泌因素
内分泌系统受到神经系统的下丘脑调节，反过来神经系统也接受内分泌系统的调节，两者关系非常密切。内分泌功能障碍与精神障碍特别是情感障碍的高共病率现象，提示神经内分泌紊乱与精神障碍发生发展可能相关。
4.神经发育异常
精神发育学说认为，神经发育障碍患者的大脑从一开始就未能有正常的发育，由于遗传和某些精神发育危险因素相互作用，在胚胎期大脑发育过程中就出现了某些神经病理改变，这些改变的即刻效应并不显著，随着进入青春期或成年早期，在外界环境因素的不良刺激下，导致疾病的发生。
5.感染
早在20世纪早期，我们就已知道感染因素能影响中枢神经系统，产生精神障碍。例如通过性传播的梅毒螺旋体引起生殖系统症状，在多年的潜伏后，进入脑内，导致神经梅毒。神经梅毒主要表现为神经系统的退行性变，表现为痴呆、精神病性症状及麻痹。
心理、社会因素
心理、社会因素既可以作为原因因素在精神障碍的发病中起重要作用，也可以作为相关因素影响精神障碍的发生、发展，还可以在躯体疾病的发生、发展中起重要作用。临床上，与急性应激有关的精神障碍主要有急性应激反应和创伤后应激障碍。此外，不同人格特征患精神障碍的可能性不同。
